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올바른 Taqman 실험 선택하기 - Ask TaqMan #20

516 views · Published 29 August 2013 · 4:02 · Indexed 31 October 2026

Channel: Thermo Fisher Scientific · 2013 · Science & Technology

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라이프 테크놀로지스에서는 20여 가지 종을 표적으로 하는 수 백만 개의 TaqMan 유전자 발현 assay를 제공합니다. 정말 많지요! 특정 유전자에 대해 검색하면 한개 이상의 결과가 나옵니다. 
사실 수십개가 넘게 검색될 것입니다! 그럼 어떤 것을 선택해야 할까요? 이 비디오에서 어떻게 검색 결과를 찾고 최적의 assay을 고를 수 있는지 보여드리지요. 
마우스 VEGF의 유전자 발현 수준을 측정한다고 해봅시다. 이 유전자군 이름으로 검색하면 37가지 assay가 나오는군요. 이제 검색 결과 화면 왼쪽 패널에서 필터를 선택해 여러 옵션을 줄여보겠습니다. 예를 들어 VEFGA만 검색하고자 한다면, 이제 7가지 assay만 나오는 군요. 훨씬 줄었습니다. 하지만 6개를 더 줄여야 하지요.
남은 옵션에서 우리에게 적합한 것을 찾으려면 각각 전사 표적 수를 살펴봐야 합니다. 여기 NCBI RefSeq 전사에 대한 정보는 전사 제목 아래에서 볼 수 있습니다. 사실 가장 많이 선택한 assay법이 이미 확인되어 있습니다. 이제 최고네요. 4가지 전사물을 표적으로 하는 군요. 이 assay와 transcript를 보려면 "맵 링크에서 assay 보기"를 클릭합니다. 이제 NCBI 데이터베이스에서 가장 잘 정리된 전사물을 보거나 GenBank에서 제공한 일반적으로 더 많지만 정리가 덜 된 목록을 볼 수 있습니다. 더 많은 연구자들이 이전 목록의 정확성을 더 신뢰하는 경향이 있으니, 이 예에서는 NCBI transcript 정보를 사용하겠습니다.
마우스 포인터를 각 assay 위에 올리면 노란색으로 바뀌고 특정 프라이머와 프로브 세트로 검출된 여러 전사물들이 보입니다.  팁을 드리자면, 특정 실험 목표에 따라 가장 많은 전사물을 검출하는 assay을 찾거나, 여기 이 assay이 그렇군요. VEGFA에 대해서 6개 전사물 중 4개를 검출합니다. 이 assay입니다. 그렇지 않으면 특정 전사물만 조사하는 assay을 선택합니다. 오! 여기서 스크롤을 내려 특정 전사 id를 클릭하면 바로 NCBI 웹사이트로 이동해 해당 아이소형에 대한 정보를 찾아볼 수 있다는 점도 알아두세요.
Assay를 선택할 때 검출할 transcript 외에 무엇을 고려할 수 있을까요? 아마 assay 디자인일 것입니다.  대부분의 assay은 엑손경계을 포함하도록 설계되어 있는 경우와 그렇지 않은 두가지가 있습니다. 두 번째 assay 는 정의에 따라 잔류 genomic DNA를 검출할 수 있습니다. 이는 RNA 샘플을 철저히 DNase 처리하고 비엑손 스패닝 assay 사용 시 non-RT 콘트롤을 실행하는 것이 중요하지요.
또 다른 고려사항은 assay법이 기성 상품인지 주문제작 상품인지 보는 것입니다.  기성 assay기기는 대개 1-2일 내에 배송이 되지만 주문제작의 경우는 5-12일이 걸립니다(미국기준). 바쁜 상황에서는 기성 assay기기를 주문해야겠지요!
최고의 assay법을 선택하는 방법에 대해 이야기 해보았습니다. 주문 준비가 되었다면 원하는 TaqMan 리포터 염료와 assay 규모를 선택해야 합니다. 보다시피 이 중 하나를 바꾸면 카탈로그 번호가 바뀝니다.

준비가 되었으면 간단히 선택한 assay기기를 장바구니에 넣고 일반적인 주문 절차를 따릅니다.
실시간 PCR에 대해 질문이 있으세요? TaqMan®에게 물어보십시오. #askTaqman으로 트위터하거나 페이스북으로 찾아보세요. 아니면 http://LifeTechnologies.com/askTaqMan 웹사이트로 오셔도 됩니다.

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